通过对中医学基础理论的研究进行结合
中医学基础理论内容十分丰富，有些与西医学理论完全不同，以往曾开展对阴阳学说、脏象学说 、气血学说及有关“ 证 ”的研究等，主要是从西医角度去探索。其方法是先以临床为据确立研究对象的特征，然后通过建立中医理论的动物模型或动物疾病模型以寻找中西医理论上的结合点。
在疾病的诊治中进行结合
包括在诊断上的病证结合，在治疗时的综合协调，在理论上的相互为用。病证结合就是运用西医诊断方法确定病名，同时进行中医辨证，作出分型和分期。这样就从两种不同的医学角度审视疾病，既重视病因和局部病理改变，又通盘考虑疾病过程中的整体反应及动态变化，并以此指导治疗。综合协调是指在治疗的不同环节按中西医各自的理论优选各自的疗法，不是简单的中药加西药，而是有机配合、互相补充，这样往往能获得更高的疗效。理论上相互为用是根据不同需要，或侧重以中医理论指导治疗，或侧重以西医理论指导治疗，或按中西医结合后形成的新理论指导治疗。
通过对方剂药物的研究进行结合
包括用西医理论和方法，对传统方剂的作用加以说明。其特点是医药结合，临床与实验结合，单味药物研究与复方研究相结合。
通过对中西医诊断方法的研究进行结合
主要是用西医学和现代科学方法研究中医四诊，或创造新的诊法。开展最多的是经络诊法和脉诊、舌诊。经络诊法是把中医学关于经络检查所见和西医诊断联系起来，通过相关性研究，创立耳穴诊病法和经络检查法。通过各种脉象仪、舌象仪，把医生诊脉时的指下感觉用图像、曲线、数字等客观指标表示出来，把各种舌诊所见舌苔、舌质的变化通过病理形态学、细胞学、生物化学、血液流变学及光学等方法客观地反映出来；另外对脉象及舌象进行中医相关对照和从病理生理学、生物化学、微生物学、免疫学、血液动力学等多方面进行原因和机理探讨。这项研究有利于中医四诊实现仪器化、客观化和规范化。
通过对针灸及经络研究进行结合
大致有 5 个方面：一是把针灸应用于西医临床各科，所治疾病已达300 余种；二是传统针刺技术与西医理论和方法结合，创立头皮针、耳针疗法和电针、激光针疗法、穴位注射方法等；三是用生理学、生理化学、微生物学及免疫学方法研究针灸对人体各系统的作用机制，为针灸提供现代科学依据；四是通过对针刺麻醉的临床应用和对针刺镇痛原理研究进行结合；五是在肯定经络现象、总结循经感传规律的基础上，融汇中西医理论，以现代实验方法与科学抽象方法相结合，探索经络机制。利用现代科学技术和实验方法研究经络及针灸作用原理的一门新学科——实验针灸学，已经在中西医结合的过程中逐步形成。
通过对中医治法治则的研究进行结合
主要集中于对活血化瘀、清热解毒、通理攻下、补气养血、扶正固（培）本等治则的研究。方法是在肯定疗效的基础上，摸清用药规律，筛选方药，进而对适用该治则的有关方药进行药理作用、成分、配伍机制的实验研究，再将所取得的认识放到临床实践中验证。
考试科目有政治、英语、医学综合。另外中西医结合在专升本的专业名称叫做中西医临床医学，隶属于大临床的范畴。
中西医结合专业开设的课程有简明哲学原理、英语、新应用写作、计算机应用初级教程、人体解剖学、生理学、生物化学、中药学、微生物与免疫学、方剂学、预防医学、病理学、药理学、中医诊断学、中医学基础、常见急诊处理、中医骨伤科学、针灸推拿学、妇产科学、外科学概论、中医妇产科学、中医外科学、中医儿科学、内科学、中医内科学、诊断学基础等。
中西医结合专业毕业生的要求，不仅具体专业之间存在差别，而且地区性的差别也比较大，这与经济的发达程度有着密切的关系。经济越发达的地区和城市对毕业生的需求反而越小，这主要是因为经济发达地区的医疗事业起步早，发展比较成熟稳定，特别是这城市的公立医院，基本上都是人才饱和。而中小城市因为医疗事业正处于不断进步发展的阶段，对人才的需求量则相对较大。中西医结合专业毕业生可在各级各类医院、高等医学院校、卫生行政管理部门、有关科研院所从事西医、中医结合或中医专业医疗、教学、管理、科研等工作。