证书内容不同：通常在证书上会注明：网络教育，函授。
教学组织不同：函授通常会组织短期的面授(每学期7-10天，学校自主安排确定)，网络教育不集中面授。
毕业证号不同：网络教育毕业证电子注册号第6位通常是7，函授毕业证的是5。
办学主体不同：网络教育办学资格学校全国只有68所，而几乎所有大学、学院、职技院等的成教院或继续教育学院都可以招收函授生。
入学方式不同：网络教育是学校自主组织入学测试，函授通常是通过成人高考入学。
网络教育是新兴并已经成型的学历教育形式，学生可根据高校系统进行在线或离线视频学习课程，在线同老师、同学进行沟通交流，在线考试。学生在规定的年限内完成学习计划即可申请毕业并获得相应的证书。
函授是成人高考录取后的一种学习形式，学校将教材发给学生，学生通过自己阅读、电视讲座、电脑等方式进行学习，而学生与老师之间则通过通信、电子邮件等方式进行沟通，作业也是通过信件或者电子邮件来完成，有时会集中的进行面授学习和考试，通过考试，完成学习计划，达到毕业要求的即可获得相应的证书。