函授本科与自考本科主要有五大区别，主要表现在入学考试不同、毕业证不同、学制不同、获得学位的条件不同以及毕业难度不同上，在两者的选择上，大家应根据自身实际情况进行报考，具体如下：
1、获得学位的条件不同
函授本科需要通过全国成人学士学位英语考试，才可以申请毕业，否则无资格申请学士学位。
而自考本科只要通过全国的课程考试(包括英语课程)，就可以申请毕业。
2、毕业证不同
函授本科毕业证书上面只加盖单章，即毕业学校的章。
而自考本科毕业证上面加盖了双章，也就是自考委印章和主考院校印章。
3、毕业难度不同
函授本科的考试难度更小，更适合学习基础差、学习时间少的在职人士。
而自考本科的考试难度相比其他所有成人考试都要高，仅次于统招高考，想要通过所有考试需考生有一定学习基础和学历能力，更关键的是要有足够的学习时间。
4、学制不同
函授本科学制一般为3年至5年，而自考本科没有学制，什么时候通过课程考试，什么时候申请毕业。
5、入学考试不同
函授本科需要参加成人高考入学考试，而自考本科没有入学考试。